詳しく説明されているため、余計、分かり難くなっているので、
要点をまとめてみた。

(1)NetCDF FAQ の、How do I get the netCDF software package?
(http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/faq.html#howtoget)を参考に、
「gzipped tar file」のリンクをクリックし、
netcdf.tar.gz ファイルをダウンロードし、解凍する。

(2)フォルダを作成（例えば、c:￥MyNetCDF)、そこに解凍したフォルダ(netcdf)を格納する。
c:￥MyNetCDF￥netcdf

(3)NetCDF FAQ の、How can I use netCDF-4 with Windows?
(http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/faq.html#windows_netcdf4)を参考に、
・zlib DLLs for 32-bit Windows
・szlib DLLs for 32-bit Windows
・HDF5 DLLs for 32-bit Windows
のリンクをクリックし、３個のファイルをダウンロードし、解凍する。

(4)解凍したフォルダ(zlib123-vs2005, szip21-vs6-enc, 5-181-win-vs2005)を、(2)で作成したフォルダに格納する。
c:￥MyNetCDF￥zlib123-vs2005
c:￥MyNetCDF￥szip21-vs6-enc
c:￥MyNetCDF￥5-181-win-vs2005

(5)VisualStudio2008で、
C:￥MyNetCDF￥netcdf￥netcdf-4.0.1￥win32￥NET￥netcdf.sln の
ファイルを開く。

(6)以下、VisualStudio2008の設定
・「ツール」-「オプション」で、「プロジェクトおよびソリューション」－「VC++ディレクトリ」の
「ディレクトリを表示するプロジェクト」で「インクルードファイル」を選択し、
C:￥MyNetCDF￥zlib123-vs2005￥include
C:￥MyNetCDF￥szip21-vs6-enc￥include
C:￥MyNetCDF￥5-181-win-vs2005￥include
の３つを追加する。

・「ツール」-「オプション」で、「プロジェクトおよびソリューション」－「VC++ディレクトリ」の
「ディレクトリを表示するプロジェクト」で「ライブラリファイル」を選択し、
C:￥MyNetCDF￥zlib123-vs2005￥dll
C:￥MyNetCDF￥szip21-vs6-enc￥dll
C:￥MyNetCDF￥5-181-win-vs2005￥dll
の３つを追加する。

・以上の設定後、ソリューションエクスプローラの一覧からnetCDFだけビルドしてみると、エラー無くビルドが終了し、
C:￥MyNetCDF￥netcdf￥netcdf-4.0.1￥win32￥NET￥Debug￥netcdf.dll が作成されている。
（￥は全角で表しているので、半角に変える）